Diario de un Consejero de Ciencia.
Semana 87.

Buenas noches,

Domingo de Ramos, qué día más bonito ha hecho en Asturias y qué alegría que anochezca tan tarde. Se acabó salir de casa de noche… y volver de noche en una temporada. Hoy voy a dejar algún dato sobre la llamada “cepa brasileña” del coronavirus, pero antes quería escribir una breve reseña sobre la visita el lunes al Concejo de Salas. Una de nuestras principales líneas de actuación en la Consejería es llevar la banda ancha al máximo porcentaje posible de población asturiana, idealmente a toda. Esta idea, que venimos impulsando desde nuestra llegada en 2019, no es sencilla en la región orográficamente más irregular de España, y para su consecución requiere de soluciones que van desde la conectividad por fibra óptica, hasta el aprovechamiento de las diferentes tecnologías inalámbricas. Con este ánimo nos pusimos a trabajar con todos los concejos del Principado, impulsando el máximo número de actuaciones en el marco de los planes PEBA. Uno de los mensajes que nos han escuchado decir insistentemente es que la llegada o no de fibra óptica no establece ciudadanos de primera y de segunda, lo importante es la velocidad de conexión con la tecnología que sea. Así, es destacable el esfuerzo realizado en tareas de conectividad en el concejo de Salas, donde la fibra óptica que se desplegará con el PEBA2019 se complementará con un despliegue de operadores aéreos para garantizar la llegada de la banda ancha al resto de zonas.

Aprovechamos la visita a Salas para conocer las instalaciones de Cafés el Globo, empresa dedicada a la selección, tueste y empaquetado de café, garantizando cuestiones tan importantes como la trazabilidad del café desde el origen y el comercio justo y sostenible. Por eso, en cada una de las variedades de café que importa esta empresa, viene una ficha donde se recoge hasta el tipo de fauna y flora que crece en los cafetales, todo para garantizar que la materia prima se recoge cuidando del ecosistema. En Salas descubrí una empresa con un equipo muy joven que nos supo transmitir todos los procesos que se llevan a cabo en su planta de fabricación, con productos muy innovadores como una bebida fría a base de café, y con proyectos de innovación en marcha alineados con otros agentes del sistema científico tecnológico asturiano. Como decimos en Asturias «presta descubrir estes coses».

Como el resto de actividades semanales podéis seguirlas en nuestros perfiles de redes sociales, voy a utilizar el resto de la entrada para hablar un poco de una de las nuevas cepas de coronavirus, la denominada coloquialmente como “cepa brasileña”, que está causando una cierta inquietud. En primer lugar, tranquilidad, a pesar de que Asturias ha registrado sus cuatro primeros casos de esta cepa, deciros que aún no hay datos científicos suficientes para saber si esta cepa es más o menos contagiosa que la cepa predominante en estos momentos, la llamada “cepa inglesa”, si las vacunas pueden ser menos efectivas o si existe mayor riesgo de reinfección. Insisto, calma hasta que los expertos conozcan mejor estas cepas.

No se si se habrá preguntado alguna vez dónde se está monitorizando la aparición de estas cepas… Supongo que todos los gobiernos del mundo, en menor o mayor medida, tendrán sus equipos especializados, pero a mí me gusta especialmente el seguimiento que se lleva a cabo en Nextstrain. Nada más entrar en la web, los diferentes linajes filogenéticos (también llamados clados, algo así como estirpes formadas a su vez por numerosas cepas) y las relaciones entre ellos se muestran con un esquema de colores muy intuitivo. Está muy bien una función de la web, que es darle al play que hay arriba a la izquierda (debajo de Date Range) para ver la fecha de aparición de los diferentes linajes/clados a lo largo del tiempo. Si después de darle al play son pacientes, hacia mediados de diciembre aparece la primera cepa del linaje 20J, que es al que pertenece la cepa brasileña, cuya presencia se reporta a partir de enero de 2021.

En Nextstrain también se registran las variantes genéticas de otros virus, como el de la gripe, paperas, enterovirus, ébola, dengue… (se escoge debajo de Dataset) y tiene muchas opciones gráficas que permiten conocer la evolución de los diferentes linajes del virus de forma global o por país, como por ejemplo esta donde se va registrando la abundancia relativa de los diferentes linajes a lo largo del tiempo, donde en naranja se representa la cepa inglesa (20I/501Y.V1):

La siguiente web contiene información mucho más detallada sobre los diferentes linajes de cepas de coronavirus: https://covariants.org/ En el caso que nos concierte hoy, la cepa brasileña, se identifica como 20J/501Y.V3 o P.1. Significa lo mismo pero usando diferentes sistemas de nomenclatura. La cepa brasileña se caracteriza por una serie de mutaciones:

Las mutaciones se dividen en dos tipos, unas que se denominan “sinónimas” y otras como “no-sinónimas”. Las mutaciones sinónimas no afectan a la secuencia final de aminoácidos y las no-sinónimas sí, siendo estas últimas las más peligrosas puesto que por ejemplo una proteína de la espícula diferente puede pasar desapercibida para células inmunes entrenadas para detectar cepas previas del nuevo coronavirus. Para conocer mejor los códigos anteriores, hay que tener en cuenta que cada aminoácido puede identificarse con el siguiente código de una letra:

Así, las mutaciones de la cepa P.1 se identifican como sigue (sólo algunos ejemplos)

• S:N501Y -> en la proteína de la espícula (S:) se sustituye la asparagina (N) de la posición 501 por una tirosina (Y)
• N:P80R -> en la proteína de la nucleocápside (N:) se sustituye la prolina (P) de la posición 80 por una arginina (R)
• ORF1a:S3675- -> en la proteína no estructural ORF1a, la serina (S) de la posición 3675 desaparece (-)

Y así, con todas las mutaciones. Existe un artículo muy bueno por si quieren ampliar información acerca de cómo van surgiendo todas estas nuevas mutaciones. La variante P.1 es una de las 3 variantes de preocupación o  «Variants of Concern»  identificadas entre finales de 2020 y de 2021 por su capacidad potencial -insisto en lo de potencial- de evadir en un porcentaje variable las vacunas actuales y las defensas inmunes creadas frente a cepas anteriores en personas que ya hayan pasado la COVID19. Estas cepas se identifican por el código V1, V2 o V3 al final del nombre, y son:

• La variante inglesa (20I/501Y.V1 o B.1.1.7)
• La variante sudafricana (20H/501Y.V2 o B.1.351)
• La variante brasileña ( 20J/501Y.V3 or P.1)

Curiosamente las tres comparten la mutación que da lugar al mismo cambio de aminoácido en la proteína de la espícula, para ser más precisos la tirosina que se incluye en la posición 501 en lugar del ácido aspártico. Para ver otra lista de mutaciones compartidas con estas cepas, podéis dirigiros a esta web: https://covariants.org/shared-mutations

La cepa 20J/501Y.V3 o P.1, es decir la cepa brasileña, se originó y expandió en Brasil durante el mes de enero de 2021 (Faria y cols.), de forma muy notable a la ciudad de Manaos, capital del Estado de Amazonas. De ahí se ha distribuido a numerosos países del mundo, y esta semana se han identificado los primeros casos en Asturias. Como hemos visto las diferentes cepas, y la brasileña no iba a ser una excepción, se caracterizan sobre todo por tener múltiples mutaciones en el gen que codifica la proteína de la espícula, como S:N501Y, S:E484K, S:L18F, S:K417N y S:H655Y.  Tiene también una mutación en el gen que codifica la proteína de la nucleocápside (N:P80R).

¿Qué sabemos de la mayor o menor capacidad infecciosa y patógena de esta cepa?

• Por un lado, existe una publicación en Lancet Preprints (de Souza y cols.) en la que se muestran datos de una menor efectividad de los anticuerpos generados por personas infectadas por variantes no-P.1 frente a la cepa brasileña, pero el tamaño muestral es muy pequeño y son datos que ni han sido sometidos a revisión por pares y que por tanto hay que coger por pinzas.
• Por otro lado, un modelo matemático (Faria y cols.) estima que la cepa P.1 podría ser de 1,4 a 2,2 veces más transmisible que otras cepas. A este respecto, y desde un punto de vista epidemiológico, existen datos contradictorios ya que como se muestra en la siguiente figura sacada de Nextstrain, esta cepa cada vez se detecta más frecuentemente en Brasil (línea azul discontinua), pero en Italia (línea naranja oscuro) su prevalencia parece declinar después de haber llegado a un máximo hace unas semanas:

Como ven de momento sabemos poco, así que que no cunda el pánico, dejemos a los grupos de científicos y epidemiólogos especializados que sigan analizando datos para detectar posibles problemas asociados a la aparición de nuevas cepas del virus, y mientras tanto sigamos manteniendo las normas sanitarias, esperemos que avance la vacunación, y que poco a poco la situación epidemilógica permita a las autoridades sanitarias ir relajando las restricciones.

¡Hasta la semana que viene!